Pseudobulbos ovado-acuminados, algo aplanados lateralmente, de 3.5-5 cm. de largo x 1,5 cm. de ancho, terminados en una o dos hojas estrechamente lanceolado-acuminadas, de 12-16 cm. de largo x 1.5 cm. de ancho.  Una vaina foliar a cado lado en la base de hasta 8 cm. de largo x 0.9 cm. de ancho. Inflorescencia de la axila de la vaina foliar, erecta o algo arqueada, escapo recto, de 20 cm. de largo (hasta el nacimiento de la última flor), con 2 brácteas de 7 mm. de largo, con 2-5 flores. Pedicelo y ovario de 28 mm. de largo. Flores medianas para el género, de 4-5 cm  de diámetro en posición natural; sépalos y pétalos de color amarillo verdoso, con pocas manchas marrón moradas, labelo blanco con manchitas moradas, las del ápice tendiendo a marrón. Sépalo dorsal estrechamente lanceolado-acuminado, de 23 x 5 mm, con el ápice recurvo; sépalos laterales estrechamente lanceolado-acuminados, ligeramente falcados, de 25 x 4.5 mm., con arista dorsal prominente en el ápice; pétalos estrechamente lanceolado-acuminados, ligeramente falcados, con los ápices recurvos, de 19 x 4 mm. Labelo unido a la base de la columna por una superficie pentagonal corta, con base estrecha acanalada, con los lados erguidos, lámina romboide, más ensanchada en la base y aguda en el ápice, ligeramente estrechada un poco antes de la mitad, con varios callos filamentosos irregulares en la base. Columna recta, de 8 mm. de largo sin la antera, en el ápice, a cada lado, con una pequeña aleta apicalmente aguda. Antera ancha, recurvada en el ápice (como pico de pato), polinios dos, elípticos, surcados, con estípite alargado y viscidio; estigma ancho, redondeado; rostelo corto, acanalado.
Esta especie está emparentada muy de cerca con la especie peruana y ecuatoriana Odontoglossum tenue Cogn., a pesar de la notable distancia geográfica que separa las dos especies: sur del Ecuador y norte del Perú vs. centro de Colombia. Afortunadamente el descubridor de esta nueva especie tenía florecida simultáneamente una planta de la otra especie, procedente del Ecuador, y fue posible compararlas detenidamente. Las plantas de la especie colombiana son un poco más grandes; la inflorescencia es bastante más larga; el color de los sépalos y pétalos es diferente: muchas manchas en O. tenue, pocas manchas en O. alvarezii. El labelo es claramente distinto, aunque ambas especies tienen callos muy similares; una serie de dientes filamentosos irregulares. Los lóbulos basales son más altos en la especie peruano-ecuatoriana; por sobre todo, la lámina es definitivamente diferente: ensanchada más adelante de la mitad con ápice obtuso en O. tenue; triangular, más ancha cerca de la base y ápice agudo en O. alvarezii. La antera de O. tenue tiene el pico estrechado, más corto, curvo y agudo.